Die umfassendste Änderung betrifft die Modernisierung der Appenzeller Bahnen. Dank des neuen Ruckhaldetunnels verkehren die Züge durchgehend von Trogen über St.Gallen nach Appenzell. Umsteigen in St.Gallen gehört damit der Vergangenheit an. In den Hauptverkehrszeiten von Montag bis Freitag wird ab ca. Mitte Februar 2019 der ¼-Takt zwischen Teufen und St.Gallen eingeführt. Ausserdem stehen für die Linien 855 Appenzell-St.Gallen-Trogen und 854 Gossau-Appenzell-Wasserauen neue moderne Fahrzeuge mit Niederflureinstieg im Einsatz.
Dank den geänderten Abfahrtszeiten der Fernverkehrszüge verkürzt sich die Wartezeit in Gossau von/nach Zürich von heute 11 respektive 13 Minuten auf neu 7 respektive 9 Minuten. In St.Gallen werden aus Richtung Gais die Anschlüsse auf jene Fernverkehrszüge ausgerichtet, die während der ganzen Betriebsdauer verkehren. Diese sind nicht optimal schlank, aber immerhin attraktiv und stabil. Weitere Verbesserungen sind erst nach den erfolgten Ausbauten Güterbahnhof und Eggli möglich, was voraussichtlich 2021 der Fall sein wird. Am Abend verkehren zwischen St.Gallen und Appenzell im ½-Takt neu Züge anstelle von Bussen. Aufgrund des geänderten Fahrplans der Appenzeller Bahnen werden die Postautokurse der Linie 80.191 Teufen-Haslen-Appenzell auf die Anschlüsse in Teufen ausgerichtet.
Der gut frequentierte Schnellzug, der seit 2016 Konstanz mit St.Gallen in 36 Minuten verbindet, wird auf den Fahrplanwechsel bis Herisau verlängert. Die attraktive Verbindung wird zum Stundentakt ausgebaut und legt die Strecke Konstanz bis Herisau in nur 45 Minuten zurück. Der RE verkehrt täglich von 6 Uhr bis Mitternacht (ab 21 Uhr nur noch zwischen Herisau und St.Gallen) und ermöglicht in Herisau gute Anschlüsse Richtung Urnäsch/Appenzell und umgekehrt.
Ausserdem verkehren die S-Bahn Züge zwischen Herisau und St.Gallen von Montag bis Freitag neu im ¼-Takt. Heute ist dies nur zu den Hauptverkehrszeiten am Morgen und Abend der Fall.
Aufgrund der geänderten Ankunfts- und Abfahrtszeiten bei den Bahnen wurde das Buskonzept im Vorderland grundlegend überarbeitet. Dank intensiver Zusammenarbeit mit den Verantwortlichen der Kantonsschule Trogen verbessern sich ausserdem die die Fahrzeiten für die Schüler und Studierenden nach Trogen. Dies betrifft den ganzen Kanton und setzt auch Flexibilität der Kantonsschule Trogen bei den Stundenplänen voraus. So verschiebt sich der Unterrichtsbeginn ab Dezember 2018 am Morgen von 07.35 Uhr auf 07.55 Uhr.
Im Rahmen der nationalen Fahrplanvernehmlassung können nun vom 28. Mai bis 17.Juni 2018 interessierte Kreise aus der Bevölkerung zu den Fahrplanänderungen Stellung beziehen. Im Anschluss erfolgt die Auswertung der eingegangenen Anliegen in Zusammenarbeit mit den Transportunternehmen und den Nachbarkantonen.