Im Oktober 2018 ging der Ruckhaldetunnel und damit die Neubaustrecke der AB zwischen St.Gallen und Riethüsli in Betrieb. Die «Durchmesserlinie Trogen-St.Gallen-Appenzell» beinhaltete diverse weitere Bauprojekte wie der neue Durchgangsbahnhof St.Gallen und die Verlängerung und Erneuerung der Kreuzungs- und Haltestellen Liebegg und Lustmühle. Nun steht mit der neuen Halte- und Kreuzungsstelle «Güterbahnhof» ein weiteres bedeutendes Projekt an. Die Inbetriebnahme ist auf den Fahrplanwechsel im Dezember 2021 geplant. Das Projekt wurde gemeinsam von den AB und der SBB entwickelt und beim Bundesamt für Verkehr eingereicht. Die neue Haltestelle «Güterbahnhof» erschliesst das zukünftige Entwicklungsgebiet in der westlichen Innenstadt und ermöglicht Anwohnerinnen und Anwohnern eine direkte Verbindung ins Stadtzentrum und ins Appenzellerland. Zum Projekt zählt auch die Begradigung der Linienführung der AB; sie verläuft neu auf der Nordseite des bestehenden Güterbahnhofgebäudes und entlang der SBB Gleise. Die heutige Streckenführung auf der Südseite mit der S-Kurve entfällt und wird rückgebaut. Die Kreuzungsstelle und die neue Linienführung wirken sich positiv auf die Fahrplanstabilität der AB aus, was gerade im Viertelstundentakt während der Hauptverkehrszeiten wichtig ist. Die neuen Gleisanlagen der AB tangieren die bestehenden Anlagen der SBB. So werden Abstellgleise der SBB angepasst und abgesenkt. Auch wird der Standort des Lösch- und Rettungszuges verschoben und überdacht. Mit der Anpassung und Absenkung der SBB Geleise erhalten die SBB die Möglichkeit, die Betriebsabwicklung im Bahnhof St.Gallen und zu den Abstellanlagen im Güterbahnhof zu verbessern. Das Hauptgebäude des Güterbahnhofs wird von den geplanten Arbeiten bei AB und SBB nicht tangiert.