Die aus der Zeit des gemeinsamen Landes Appenzell stammenden Urkunden und Dokumente bilden das gemeinsame Archiv beider Appenzell. Der Landteilungsbrief vom 8. September 1597 hält fest, dass sich dieses Archiv im Eigentum der beiden heutigen Kantone befindet und die Aufbewahrung in Appenzell erfolgt, wobei Appenzell Ausserrhoden einen Zugang zu den Dokumenten erhält. Weitere Regelungen über den Umgang mit dem Archiv fehlen.
Die Regierungen der beiden Kantone haben beschlossen, diese Lücke zu schliessen und haben einen Vertrag abgeschlossen. Gemäss diesem beteiligen sich die beiden Kantone an den künftigen Kosten für die Erhaltung des gemeinsamen Archivs je zur Hälfte. Die Kosten für die Bereitstellung des Archivraums gehen zu Lasten des Standortkantons Appenzell Innerrhoden. Für die Erhaltung des Archivs stehen in den nächsten Jahren einige Massnahmen an. Beispielsweise besteht wegen des Alters, der früheren Lagerung und des Gebrauchs der Dokumente ein gewisser Restaurierungsbedarf. Ebenso sind für eine bessere Präsentation und zum Schutz der Bestände zur Appenzeller Geschichte Digitalisierungen notwendig. Bereits heute sind die Archivalien in der Archivdatenbank des Landesarchivs abrufbar: https://landesarchiv.ai.ch.